日本从以前就有导入外来种之情形，由于和外来种共存之时期很长，这对生物多样性之保育产生若干影响，因此就侵略性的外来种，必须实施制度性的检讨措施。引用生物多样性公约缔约国会议，有关侵略性外来种的早日预防和因应、防止暨移除指导原则，作为日本国内外来种对策之基本概念。
以环境面的「费用对效果」之观点来看，防止带来不良影响之外来种的定居附着，最为有效，倘侵入时早日排除之效果亦最高。(一)制度化时应检讨事项应教育国民有关外来鱼种对策制度之基础知识及概念。欲导入外来种时，应提出有关生态之基础讯息，并依据专家之意见，判定该物种对生物多样性之影响程度。目前日本已判定若干外来种对生物多样性之影响程度。对造成不良影响之外来种的导入，需采取适当的管理措施。欲利用带来不良影响之外来种之个体者，政府需设立机制，以采行适当的管理措施，防止个体逃离造成不良影响。据此应对个体施以适当的认知方法。
对日本导入的外来种，需监控其状况，倘发生问题时需采取紧急措施。有关非蓄意性导入之侵略性外来种，须检讨在高导入地区采取监控方法。对在野外带来问题或可能带来问题之外来种，需设立计划性的防止暨移除措施。政府应以国家整体观点，而地方公共团体亦应配合地区的实况，设立防止暨移除措施。在多数固有种生存的地区，以生物多样性之观点来看，有防止外来种产生影响之必要地区，需设立防止暨移除之特别管理措施。
除教育国民使其了解外来种对策之重要性，并和各教育机关合作，以确保教材和人才。有关外来种的附着地定居状况，除推动生物特性之基础研究调查外，并开发防止暨移除以及监控之技术。(二)制度化及实施对策实时应注意事项
除确保预算和整顿体制外，由优先度高的地区开始实施现有科学研究和体制之可行性调查。
留意现有各种制度之整合性，建构处理外来种问题之合作机制，推动综合性和有效性之对策。政府应支持地方公共团体配合地区的实况，推动外来种对策。已到防止暨移除之状况时，需充分认知其是否为原本管理下不会丧失之生命体，并在建构制度时，以预防性观点加以检讨。检讨输入之相关制度时，要留意和会员国间之WTO协议之关系。
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